應用科學研究中心定位與任務是運用最尖端、新穎的科學技術，進行跨領域的基礎科學與應用研究。目前包含三大專題中心：
(1)力學及工程科學專題中心: 研究重點為多尺度生物結構/奈米結構模擬計算、環境力學/顆粒流/土石流力學、先進為奈米製造技術與急性腎損傷診斷工具發展。
(2)綠色科技專題中心: 研究重點為開發先進材料與超穎結構於高效能創能、貯能與節能及優質生活之應用。
(3)生醫科學應用專題中心: 以具有功能性的感測與影像科技，結合微環境操控平台，以期在生物醫學科學上做出重要突破性研究，並聚焦在具有生技產業價值或重要臨床應用的研究課題。
