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12022冷戰格局下亞太安全體系的建立與「中日和平條約」之締結黃自進 臺北
22022戰後中國的命運黃自進 重探抗戰史（三）：抗戰與中國之命運 (臺北 : 聯經出版公司)
32022日本の国際連盟脱退：「満洲国」はなぜ承認されなかったか黃自進 「満洲」という遺産：その経験と教訓 (日本京都 : ミネルヴァ書房出版社)
42022韓戰前後美國政府之對臺政策與《中日和平條約》規劃黃自進 中央研究院近代史研究所集刊 第116期，頁97-151
52022「攘外政策」の再検討：蒋介石と華北の危機黃自進 ; 高柳俊秀譯日中戦争研究の現在：歴史と歴史認識問題 (日本東京 : 東京大学出版会)
62021蔣介石の明治維新論――「天は自ら助けるものを助く」黃自進 「明治日本と革命中国」の思想史 (日本京都 : ミネルヴァ書房出版社)
72021戰後東北問題與遠東冷戰的開展黃自進 中央研究院近代史研究所集刊 第112期，頁101-160
82021Attempt to Globalize Japanese Studies: Focusing on Joint Research on the History of the Japanese -Chinese WarHuang, Tzuchin Sekai no naka no Nihon kenkyū: Hihanteki teigen o motomete (日本京都 : International Research Center for Japanese Studies)
92021日本研究グローバル化の試み：日中戦争史の共同研究を中心に黃自進 世界の中の日本研究 : 批判的提言を求めて : 創立30周年記念国際シンポジウム (日本京都 : 国際日本文化研究センター)
102020日本駐華使館對五四學生愛國運動的觀察黃自進 思想史 第9期，頁63-109
112020圍堵在亞洲：日美同盟關係的深化（1960-1972）黃自進 臺北
122019冷戰與東亞安全架構之起源：以「美日安全保障條約」為中心(1947-1970)黃自進 思與言 第57卷第4期，頁243-307
132019孫中山「民生主義」的理論建構：西方的學術理論與東亞社會的具體實踐黃自進 
142019東北接收與冷戰政治脈絡的開展（1945-1948）黃自進 
152019近代中日關係史料彙編：一九三〇年代的華北特殊化（全三冊）黃自進 ; 蘇聖雄; 陳佑慎台北市
162019冷戰脈絡下的東亞安全架構：以〈美日安保條約〉為中心黃自進 
172019邁向和解之路──中日戰爭的再檢討黃自進 新北市
182019再探中日擴大之過程──以盧溝橋事變為中心黃自進 邁向和解之路：中日戰爭的再檢討(上冊) (新北市 : 稻鄉出版社)
192019日本對五四運動的觀察：以公使館及各地領事館的報告為中心黃自進 
202019美日安保與琉球歸還對東亞安全架構之影響黃自進 日本與亞太研究 第3卷第1期，頁1-54
212018詮釋「知」、「行」關係的政治涵義：孫文與蔣中正的比較黃自進 國立政治大學歷史學報 第50期，頁91-142
222018中日戰爭和東亞變局（上下冊）黃自進 ; 潘光哲 新北市
232018前哨戰的政治外交：中日兩國在華北的角逐（1933-1935）黃自進 中日戰爭和東亞變局(上冊) (新北市 : 稻鄉出版社)
242017全面戦争前夜における日中関係——緩衝勢力の位置づけを中心に（1933—1935年）黃自進 〈日中戦争〉とは何だったのか　複眼的視点 (京都 : ミネルヴァ書房)
252017中日戰爭擴大過程之探討：以蘆溝橋事變為中心黃自進 
262017重探中日戰爭爆發的時代背景： 以1930年代兩國的華北政策為中心黃自進 
272017近代中日關係史新論黃自進 ; 潘光哲 新北市
282017和解への道──日中戦争の再検討黃自進 アジアから考える：日本人が「アジアの世紀」を生きるために (東京 : 有志舍)
292016盧溝橋事件の再考──日中戦争拡大過程を中心に――黃自進 
302016Embracing Mainstream International Society: Chiang Kai-shek's Diplomatic Strategy against JapanHuang, Tzu-chin CHINESE STUDIES IN HISTORY 49(4), 199-217
312016國共關係與中日戰爭黃自進 新北
322016蔣介石的對日戰略：以反共為結盟訴求的探討（1933-1935）黃自進 國共關係與中日戰爭 (新北 : 稻鄉出版社)
332016戰前蔣介石與中共、日本之間的三角關係黃自進 兩岸新編中國近代史・民國卷上冊 (北京 : 社會科學文獻出版社)
342016孫中山「平均地權」理論的建構：與宮崎民藏的交流為中心黃自進 傳承與創新：紀念國父孫中山先生150歲誕辰（上冊） (台北 : 國立國父紀念館)
352016蔣經國先生侍從與僚屬訪問紀錄(上)黃克武 ; 張力 ; 黃自進 ; 潘光哲 ; 陳耀煌 ; 沈懷玉訪問; 周維朋; 林東璟; 李品寬; 簡佳慧; 溫楨文記錄台北市 : 中央研究院近代史研究所
362015前哨站的政治外交：中日兩國在華北的角逐（1933-1935）黃自進 
372015池田勇人內閣時期的「兩個中國」政策（1960-1964）黃自進 日本政府的兩岸政策 (台北 : 中央研究院人文社會科學研究中心亞太區域研究專題中心)
382015日本政府的兩岸政策黃自進 台北
392015孫中山「平均地權」理論的建構：與宮崎民藏的交流為中心黃自進 
402015日本的兩個面相：孫中山與蔣介石的不同取徑黃自進 
412015阻力與助力之間：孫中山、蔣介石親日、抗日50年黃自進 北京
422015戰爭的歷史認知與爭議（二）──日本教科書問題黃自進 中國抗日戰爭史新編：（陸）戰後中國 (台北 : 國史館)
432015從「文裝武備」到「武力掠奪」：九一八事變始末黃自進 中國抗日戰爭史新編：（壹）和戰抉擇 (台北 : 國史館)
442015從「滿洲國」到「大東亞共榮圈」－－日本邁向戰爭過程之回顧黃自進主講 ; 鄭巧君紀錄國史研究通訊, 第8期，頁31-33
452015近史所一甲子：同仁憶往錄(上)黃克武 ; 游鑑明; 張啟雄 ; 張力 ; 黃自進 ; 陳儀深 ; 潘光哲 ; 林志宏 ; 沈懷玉主訪; 沈懷玉; 周維朋; 林東璟; 柯小菁; 溫禎文; 林志晟紀錄台北市 : 中央研究院近代史研究所
462013延續與斷裂：再探《中日和平條約》黃自進 中央研究院第四屆國際漢學會議論文集：近代中國的政治與外交 (台北 : 中央研究院)
472013蔣介石與現代中國的形塑(第二冊：變局與肆應)黃自進 ; 潘光哲主編 台北市 : 中央研究院近代史研究所
482013中日戰爭的前奏：蔣介石與華北問題（1933-1935）黃自進 蔣介石與現代中國的形塑（第二冊） (台北 : 中央研究院近代史研究所)
492013蔣介石與現代中國的形塑(第一冊：領袖的淬鍊)黃自進 ; 潘光哲主編 台北市
502013經濟高度成長初期的日本外交：池田勇人「貿易立國」的戰略思想（1960-1964）黃自進 東亞世界中的日本與台灣 (台北 : 中央研究院人文社會科學研究中心亞太區域研究專題中心)
512013東亞世界中的日本與台灣黃自進 台北市
522013中日戦争の前奏：蒋介石と華北問題（1933-37）黃自進 蔣介石研究　政治・戦争・日本 (東京 : 東方書店)
532012蔣介石與日本：一部近代中日關係史的縮影黃自進 台北市
542012日本人の辛亥革命觀黃自進 總合研究辛亥革命 (東京 : 岩波書店)
552012日本人的辛亥革命觀：「趁火打劫」與「同舟共濟」之間的論爭黃自進 思與言 第50卷第2期，頁1-32
562012蔣中正總統侍從人員訪問紀錄，上篇黃克武 ; 黃自進 ; 游鑑明; 潘光哲 ; 沈懷玉; 張瑞德訪問 ; 周維朋; 林東璟; 李品寬; 簡佳慧; 溫楨文; 林杰民; 吳餘德紀錄臺北 : 中央研究院近代史研究所
572011蔣中正總統五記－學記黃自進 ; 潘光哲 台北 : 國史館
582011蔣中正總統五記－困勉記（上下冊）黃自進 ; 潘光哲 台北 : 國史館
592011台湾における日本研究の空間黃自進 
602011岸信介內閣の外交構想(1957-1960)黃自進 日本の伝統と現代 (台北 : 中央研究院人文社會科學研究中心亞太區域專題研究中心)
612011日本人の辛亥革命観：「火事場泥棒」から「和衷共濟」までの論爭黃自進 
622011蔣中正總統五記－愛記黃自進 ; 潘光哲 台北 : 國史館
632011蔣中正總統五記－省克記黃自進 ; 潘光哲 台北 : 國史館
642011蔣中正總統五記－游記黃自進 ; 潘光哲 台北 : 國史館
652011日本の伝統と現代黃自進主編 台北市
662011池田勇人內閣時期的「兩個中國政策」（1960-1964）黃自進 
672011国際公義と国際連盟の脱退黃自進 
682011蒋介石の日本像黃自進 辛亥革命一○○年と日本 (東京 : 早稻田)
692011蔣中正的訪日經驗（1906-1927）黃自進 『蔣中正日記』與民國史研究 (台北 : 世界大同出版有限公司)
702011蒋介石と日本―友と敵のはざまで黃自進 東京
712010訴諸國際公論：國際聯盟對「九一八事變」的討論(1931-1933)黃自進 中央研究院近代史研究所集刊 70期，頁145-193
722010蒋介石の人格形成と日本黃自進 日本研究 42集，頁93-121
732010Jay Taylor, The Generalissimo Chiang Kai-shek and the Struggle for Modern ChinaTzu-chin HUANG China Perspectives, 2010(1), 119-120
742009「和平憲法」下的日本重建（1945-1960）黃自進著 台北市
752009青年蔣中正的革命歷練（1906-1924）黃自進 中央研究院近代史研究所集刊 65, 1-50
762009化敵為友：戰後日美同盟體制的建構（1945-1960）黃自進 亞太研究論壇 45
772009地域認識と国際秩序──北伐期における日本の対中政策黃自進 摸索する近代日中関係：対話と競存の時代 (東京 : 東京大學出版會)
782009中日二重文化文化からの日本研究黃自進 日本文化研究の過去・現在・未来－新たな地平を開くために－ (京都 : 国際日本文化研究センター)
792008岸信介「反共親美」的戰略思想（1957-1960）黃自進 亞太論壇 42, 1-32
802008北伐時期的蔣介石與日本：從合作反共到兵戎相見黃自進 國立政治大學歷史學報 30, 169-214
812008東亞世界中的日本政治社會特徵黃自進主編 台北市
822008和平憲法下的自主外交（II）：鳩山一郎「自主外交」的戰略思想黃自進 東亞世界中的日本政治社會特徵 (台北 : 中央研究院人文社會科學研究中心「亞太區域專題中心」)
832007北伐に対する日本政府の対応黃自進 
842006戰後台灣主權爭議與中日和平條約黃自進 中央研究院近代史研究所集刊 第54輯，頁59-104
852006關東軍與九一八事變：政治背景與戰略設計為中心的探討黃自進 思與言 第44卷第4期，頁91-114
862006近現代日本社會的蛻變黃自進 台北
872006九一八事變時期的日中政治動員與軍事作戰黃自進 國立政治大學歷史學報 第26輯，頁169-232
882006中日歷史認知的衝突：以首相靖國神社參拜為例黃自進 ; 李宗儒東亞論壇 第453期，頁1-18
892006蒋介石の日本に対する『理解』『観察』『行動』黃自進 東のアジア共同體の可能性——日中關係の再檢討 (東京 : 御茶の水書房)
902006從近代到現代：我的日本研究之路黃自進 亞太研究論壇, 第31期，頁152-154
912006蔣中正與近代中日關係（上、下）黃自進 台北
922006「和平憲法」下的日本外交：吉田茂「經濟立國」的戰略思想（1946～1954）黃自進 近現代日本社會的銳變 (台北 : 中央研究院人文社會科學研究中心「亞太區域專題中心」)
932006「安內攘外」的另一章：蔣介石對「日蘇先戰」的期盼黃自進 蔣中正與近代中日關係（上冊） (台北 : 稻鄉出版社)
942004抗戰結束前後蔣介石的對日態度：“以德報怨”真相的探討黃自進 中央研究院近代史研究所集刊 第45期，頁143-194
952004日本歷史教科書問題：「新歷史教科書編纂會」的個案探討黃自進 中央研究院人文社會科學研究中心亞太區域研究專題中心東北亞研究論文系列第20號
962004蔣中正先生對日言論選集黃自進 台北
972003辛亥革命に對する日本人の反應：理想像とその消滅黃自進 辛亥革命の多元構造 (東京 : 汲古書院)
982003日本的侵華政策與蔣介石的對應：1932~1945黃自進 思與言 第41卷第4期，頁187-258
992003利用與被利用：孫中山的反清革命運動與日本政府之關係黃自進 中央研究院近代史研究所集刊 第39期，頁107-152
1002003林金莖先生訪問紀錄黃自進訪問 ; 簡佳慧紀錄台北市 : 中央研究院近代史研究所
1012002蔣中正先生與九一八事變：不抵抗責任的探討黃自進 近代中國 117-147
1022002戰後日本的對華政策－－以「中日和約」為例的探討黃自進 近代中國 第148期，頁6-16
1032002滿州事變前後における國民政府の對日政策：蔣介石の思惑を中心に黃自進 東アジア近代史 9-34
1042002張玉法教授的史學人生黃自進 ; 潘光哲 近代中國史研究通訊, 第33期，頁63-88
1052002蔣中正先生在日本學習的一段歲月黃自進 近代中國 28-62
1062002蔣介石と滿州事變：「不絕交、不宣戰、不講和、不訂約」の對日政策の原點黃自進 法學研究（慶應義塾大學法學部集刊） 373-400
1072002辛亥革命時期的日本對華政策黃自進 辛亥革命與二十世紀的中國 (北京 : 新華書店)
1082001漫畫「臺灣論」的思想背景黃自進 近代中國 第143期，頁80-89
1092001蔣中正先生留日學習實錄黃自進 台北
1102001蔣中正先生研究資料目錄：1980~2000黃自進 台北
1112001北一輝的革命情結：在中日兩國從事革命的歷程黃自進 台北市
1122000明治後期における中國像：日本政府の中國革命への支援と否定黃自進 QUADRANTE（東京外國語大學海外事情研究所集刊） 2, 129-142
1132000北一輝與中國革命黃自進 第四回日中關係史國際シンポジウム (東京 : 東方書店)
1141999北一輝の辛亥革命‧五四運動觀：吉野作造との對比を中心に黃自進 QUADRANTE（東京外國語大學海外事情研究所集刊） 1, 53-74
1151999北一輝と辛亥革命：『支那革命外史』の位置づけの再檢討黃自進 歷史の中の中國政治：近代と現代 (東京 : 勁草書房)
1161998第四屆「近百年中日關係史」國際學術研討會黃自進 近代中國史研究通訊, 第25期，頁19-25
1171998辛亥革命と日本：革命派と支援者との相互認識と誤解黃自進 國際シンポジウム：日本‧中國‧朝鮮間の相互認識と誤解の表象 (京都 : 京都大學人文科學研究所)
1181997時任英人『明治期の犬養毅』黃自進 歴史学研究, 705號，頁18-20
1191996犬養毅與九一八事變黃自進 中央研究院近代史研究所集刊 第25期，頁311-335
1201996滿州事變と中國國民黨──諸政治集團間の相克協調黃自進 滿州事變の衝擊 (東京 : 勁草書房)
1211995吉野作造對近代中國的認識與評價：1906-1932黃自進 台北市
1221994從「二十一條要求」看吉野作造的日本在華權益觀黃自進 中央研究院近代史研究所集刊 23(上), 331-365
1231993吉野作造在五四時期的對華文化交流黃自進 中央研究院近代史研究所集刊 22(上), 505-529
1241993Sino-Japanese Peace Negotiations Over the Mukden Incident黃自進 Sino-Japanese Studies 5(2), 12-32
1251992吉野作造對孫中山的認識與評價黃自進 中央研究院近代史研究所集刊 21, 599-619
1261991吉野作造對中國革命的認識與態度的轉變黃自進 中央研究院近代史研究所集刊 20, 237-257
1271990「清末民初中國改革志士流亡日本監視記錄」簡介黃自進 近代中國史研究通訊, 第10期，頁171-173
1281990犬養毅與孫中山的革命運動──援助動機的探討黃自進 中央研究院近代史研究所集刊 第19期，頁235-251
1291990評俞辛焞《孫文の革命運動と日本》黃自進 近代中國史研究通訊, 第9期，頁167-172
1301989犬養毅の中國における日本の權益論──明治大正期黃自進 近代日本政治の諸相：時代 による展開と考察 (東京 : 慶應通信出版社)
1311988犬養毅の革命黨への對應の變化に關る一試論黃自進 慶應義塾大學大學院法學研究科論文集 55-71
1321987犬養毅と中國──北清事變を中心に黃自進 慶應義塾大學大學院法學研究科論文集 47-63
1331987犬養毅と中國──辛亥革命を中心に黃自進 慶應義塾大學大學院法學研究科論文集 61-77
1341985吉野作造と中國──五四運動を中心に黃自進 慶應義塾大學大學院法學研究科論文集 81-100