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12023日治時期臺灣業佃會之成立及其運作(1908-1938)：以農政官員的論述為中心林文凱 臺灣文獻季刊 第74卷第3期，頁77-126
22023從臺灣到滿洲：以關東都督府警政建設為中心的日本帝國統治學知移轉分析林文凱 臺灣史研究 第30卷第1期，頁45-86
32023日治後期的臺灣經濟圖像(1925-1945)：以陳逢源的經濟論述為中心的分析林文凱 世界‧啟蒙‧在地：臺灣文化協會百年紀念（上冊） (臺北 : 中央研究院臺灣史研究所)
42022東亞近代學知交會與認同流動專號導言林文凱 新史學 第33卷第1期，頁1-12
52021晚清奉天省土地改革與日本關東州土地調查：統治理性與調查學知之比較林文凱 中央研究院近代史研究所集刊 第114期，頁41-82
62021近代化行政之根本：晚清民初(1905-1928)中國東北政權的警察保甲建置與人口調查林文凱 臺北州建州百年：在地化與國際化的視角，1920-2020 (新北市 : 臺北大學海山學研究中心、新北市立圖書館)
72020日治中期臺灣的地方街庄行政與社會教育(1914-1932)：以臺北州鶯歌庄為例的分析林文凱 臺北州檔案與文書運用國際學術研討會會議論文集 (新北市 : 國立臺北大學海山學研究中心)
82020第四章 臺灣原住民起源問題：日治與戰後臺灣民族學與考古學的學術史解析林文凱 帝國在臺灣II：作為歷史記憶的「日本時代」 (臺北 : 臺灣大學出版社)
92019清代到日治時代臺灣統治理性的演變：以生命刑為中心的地方法律社會史考察林文凱 中華法理的產生、應用與轉變：刑法志、婚外情、生命刑 (臺北 : 中央研究院歷史語言研究所)
102019清代到日治時代臺灣統治理性的演變：以生命刑為中心的地方法律社會史考察林文凱 中央研究院歷史語言研究所集刊 第90本第2分，頁317-365
112019第六章 清帝國在台灣的早期現代統治理性：對東、西方現代性演變的再思考林文凱 交互比較視野下的現代性：從台灣出發的反省 (臺北市 : 國立臺灣大學出版社)
122018貌合神離之兩岸關係： 戰爭前夕福建與臺灣的經建與農業調查之交流 （1934-1937）林文凱 臺灣史研究 第25卷第4期，頁119-162
132018日本治臺經驗取鑑：戰前福建官方的臺灣調查與考察活動之分析(1911-1933)林文凱 中央研究院近代史研究所集刊 第101期，頁117-155
142018晚清臺灣的財政：劉銘傳財政改革的歷史制度分析林文凱 臺大歷史學報 第61期，頁341-392
152017臺灣近代統治理性的形構：晚清劉銘傳與日治初期後藤新平土地改革事業的比較林文凱 臺灣史研究 第24卷第4期，頁35-76
162017臺灣「中央財政」體制的轉型：日治初期（1898-1905）後藤新平總督府財政改革之歷史意義林文凱 中央大學人文學報 第63卷，頁1-44
172017The Two Land Investigations in Modern Taiwan: What Made the Japanese Survey different from the Qing Dynasty'sWen-Kai Lin Colonial Administration and Land Reform in East Asia (New York : Routledge)
182015日治初期基隆土地糾紛事件的法律社會史分析（1898-1905）林文凱 成大歷史學報 第48期，頁121-156
192012청말 대만(臺灣) 개항(開港)(1860~1895)이 사회 발전에 미친 영향  : 경제, 정치, 종교 및 문화 방면에 대한 분석∥린원카이(清季臺灣開港（1860-1895）對社會發展之影響：從經濟、政治、宗教與文化層面的分析)林文凱 동아시아한국학 연구총서 4 동아시아 개항도시의 형성과 네트워크 （韓國研究東亞系列四：東亞開港都市的形成和網絡） (서울특별시 (韓國首爾) : 인하대학교 한국학연구소 (仁荷大學韓國學研究所))
202012再論清代臺灣開港以前的米穀輸出問題林文凱 比較視野下的臺灣商業傳統 (臺北市 : 中央研究院臺灣史研究所)
212011清代臺灣熟番地權的創設與流失：以竹塹社為個案的歷史分析林文凱 族群、歷史與地域社會暨施添福教授榮退論文集 (中央研究院臺灣史研究所 : 中央研究院臺灣史研究所)
222011「業憑契管」？──清代臺灣土地業主權與訴訟文化的分析林文凱 臺灣史研究 第18卷第2期，頁1-52
232011再論晚清臺灣開港後的米穀輸出問題林文凱 新史學 第22卷第2期，頁215-252
242007地方治理與土地訴訟：清代臺灣竹塹地區金山面墾隘林文凱 新史學 第18卷第4期
252007清代地方訴訟空間之內與外：臺灣淡新地區漢墾莊抗租控案的歷史分析林文凱 臺灣史研究 第14卷第1期，頁1-70
262006清代土地法律文化：研究取徑與理論進展的評析林文凱 法制史研究 第10期，頁223-251