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202101.故院長講座. 胡適院長科普講座「鯨豚擱淺:中國歷史上的例子」邱仲麟 
2006一段被冰凍的海鮮歷史邱仲麟 中央研究院週報 第1078期,頁5-7
2015上京趕考——明清旅行史的一個側面邱仲麟 
1995不孝之孝──唐以來割股療親現象的社會史初探邱仲麟 新史學第6卷第1期,頁49-94
1997不孝之孝──隋唐以來割股療親現象的社會史考察邱仲麟 國立臺灣大學, 歷史學研究所
2013中國史新論‧生活與文化分冊邱仲麟 臺北
1995中國文化史王健文; 陳弱水; 劉靜貞; 李孝悌 ; 邱仲麟 臺北
2016中央研究院歷史語言研究所傅斯年圖書館藏未刊稿鈔本‧子部邱仲麟 臺北
2001井窩子:北京的供水業者與民生問題 (1400-1937)邱仲麟 
2009交易、狩獵與墾荒──明代軍民在北邊境外的經濟活動邱仲麟 
2003人口增長、森林砍伐與明代北京生活燃料的轉變邱仲麟 中央研究院歷史語言研究所集刊第74本第1分,頁141-188
1997人藥、血氣與孝感──割股療親現象中的醫療觀念與民俗信仰邱仲麟 
2011人藥與血氣──「割股」療親現象中的醫療觀念邱仲麟 疾病的歷史 (臺北 : 聯經出版事業公司)
1999人藥與血氣──「割股療親」現象中的醫療觀念邱仲麟 新史學第10卷第4期,頁67-116
2016以夷制虜:明代的兀良哈三衛撫賞及其經費之籌措邱仲麟 
2009保暖、炫耀與權勢──明代珍貴毛皮的文化史邱仲麟 中央研究院歷史語言研究所集刊第80分第4本,頁555-631
2021傅斯年圖書館藏古籍珍本叢刊邱仲麟主編 台北市
2016傅斯年圖書館藏未刊稿鈔本.方志邱仲麟主編 台北市
2020傅斯年眉批題跋輯錄王汎森 ; 邱仲麟主編 台北市
2000儒醫、世醫與庸醫──明代典籍中對於醫者的評論邱仲麟 
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