| Issue Date | Title | Author(s) | Relation | scopus | WOS | Fulltext/Archive link |
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| 2021 | 01.故院長講座. 胡適院長科普講座「鯨豚擱淺：中國歷史上的例子」 | 邱仲麟 | ||||
| 2006 | 一段被冰凍的海鮮歷史 | 邱仲麟 | 中央研究院週報 第1078期，頁5-7 | |||
| 2015 | 上京趕考——明清旅行史的一個側面 | 邱仲麟 | ||||
| 1995 | 不孝之孝──唐以來割股療親現象的社會史初探 | 邱仲麟 | 新史學 第6卷第1期，頁49-94 | |||
| 1997 | 不孝之孝──隋唐以來割股療親現象的社會史考察 | 邱仲麟 | 國立臺灣大學, 歷史學研究所 | |||
| 2013 | 中國史新論．生活與文化分冊 | 邱仲麟 | 台北市 | |||
| 1995 | 中國文化史 | 王健文; 陳弱水; 劉靜貞; 李孝悌 ; 邱仲麟 | 臺北 | |||
| 2016 | 中央研究院歷史語言研究所傅斯年圖書館藏未刊稿鈔本‧子部 | 邱仲麟 | 臺北 | |||
| 2001 | 井窩子：北京的供水業者與民生問題 (1400-1937) | 邱仲麟 | ||||
| 2009 | 交易、狩獵與墾荒──明代軍民在北邊境外的經濟活動 | 邱仲麟 | ||||
| 2003 | 人口增長、森林砍伐與明代北京生活燃料的轉變 | 邱仲麟 | 中央研究院歷史語言研究所集刊 第74本第1分，頁141-188 | |||
| 1997 | 人藥、血氣與孝感──割股療親現象中的醫療觀念與民俗信仰 | 邱仲麟 | ||||
| 1999 | 人藥與血氣--「割股」療親現象中的醫療觀念 | 邱仲麟 | 新史學 第10卷第4期，頁67-116 | |||
| 2011 | 人藥與血氣──「割股」療親現象中的醫療觀念 | 邱仲麟 | 疾病的歷史 (臺北 : 聯經出版事業公司) | |||
| 2016 | 以夷制虜：明代的兀良哈三衛撫賞及其經費之籌措 | 邱仲麟 | ||||
| 2009 | 保暖、炫耀與權勢——明代珍貴毛皮的文化史 | 邱仲麟 | 中央研究院歷史語言研究所集刊 第80本第4分，頁555-631 | |||
| 2021 | 傅斯年圖書館藏古籍珍本叢刊 | 邱仲麟主編 | 台北市 | |||
| 2022 | 傅斯年圖書館藏古籍珍本叢刊‧續編 | 邱仲麟 | 臺北 | |||
| 2016 | 傅斯年圖書館藏未刊稿鈔本．方志 | 邱仲麟主編 | 台北市 | |||
| 2020 | 傅斯年眉批題跋輯錄 | 王汎森 ; 邱仲麟主編 | 台北市 |
