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12022官學之外的民力展現：二十世紀早期日治臺灣原住民族群寫真秀逸作黃智慧 臺灣生蕃種族寫真：附理蕃實況 (南投 : 國史館臺灣文獻館)
22022東京閑步 遇見教育起源地景黃智慧 薰風季刊 第22期，頁6-13
32022日本對臺灣原住民族宗教的研究取向：殖民地時期官學並行傳統的形成與糾葛黃智慧 宗教環境學與臺灣大眾信仰變遷新視野第一卷 (台北 : 元華文創股份有限公司)
42022小島地緣政治學──日本與那國島的美麗與憂愁黃智慧 薰風季刊 第21期，頁6-13
52022一九一三年日本與Knazi等泰雅族各群大會戰及高山探險記錄黃智慧 大正貳年討蕃紀念寫真帖 (南投 : 國史館臺灣文獻館)
62021馬淵東一著作集第三卷馬淵東一原著; 黃智慧主編 台北市
72021李登輝精神與台日關係：克服過往，連結斷層，指引未來黃智慧 李登輝學X學李登輝：民主台灣的時代精神、歷史意識與政治領導 (台北 : 釀出版)
82021導讀《臺灣蕃地寫真帖》：百年前「理蕃」戰爭的多面性黃智慧 蕃匪討伐紀念寫真帖 (南投 : 國史館臺灣文獻館)
92021導讀《蕃匪討伐紀念寫真帖》：1910年Gogan泰雅族對日戰役黃智慧 蕃匪討伐紀念寫真帖 (南投 : 國史館臺灣文獻館)
102021編序：連結「人」與「人」的人類學者：馬淵東一黃智慧 馬淵東一著作集第三卷 (台北 : 中央研究院民族學研究所)
112020台湾における「日本文化論」に見られる対日観黃智慧 台湾における〈日本〉認識: 宗主国位相の発現・転回・再検証 (東京 : 風響社)
122019Legacy and Aftermath: Reflections on the Development of Anthropology between Taiwan and JapanHuang, Chih Huei Japanese Review of Cultural Anthropology 20(2), 203-215
132019Palaeolithic seafaring in East Asia: testing the bamboo raft hypothesisYousuke Kaifu; Chih-hsing Lin; Akira Goto; Nobuyuki Ikeya; Masahisa Yamada; Wei-Chuan Chiang; Masaki Fujita; Koji Hara; Toiora Hawira; Kuo-en Huang; Chih-huei Huang ; Yoshimi Kubota; Chiung-hsi Liu; Kumino Miura; Yasumasa Miyazawa; Osamu Monden; Minoru Muramatsu; Yunkai Sung; Katsuaki Suzuki; Nobuyuki Tanaka; Cheng-hwa Tsang; Saki Uchida; Pi-ling WenAntiquity 93(372), 1424-1441
142019消滅危機に瀕する台湾の微小民族の苦境及びその支援と改善策の検討黃智慧 ; 丸山勝訳台湾原住民研究 第23号，頁81-110
152017台灣瀕危族群文化困境及其守護方案探討黃智慧 跨．文化：人類學與心理學的視野 (台北 : 中央研究院民族學研究所)
162017李亦園先生與臺灣民族學人類學學會的正名黃智慧 《懷念李亦園院士》 (台北 : 中央研究院民族學研究所)
172017「台湾は捨て子」黃智慧 ワン・アジアに向けて (下關 : 東亞大學東アジア文化研究所)
182015Ethnic Diversity, Two-Layered Colonization, and Complex Modern Taiwanese Attitudes toward Japan黃智慧 Japanese Taiwan: Colonial Rule and its Contested Legacy (London : Bloomsbury Academic)
192014從「服貿」經濟的盲點，看族群共生的未來黃智慧 全球客家研究 第3期，頁279-300
202013「文化力」の時代：21世紀のアジアと日本黃智慧 台灣人類學刊 第11卷第2期
212013解讀高砂義勇隊的「大和魂」：兼論台灣後殖民情境的複雜性黃智慧 第一屆台灣近代戰爭研討會論文輯 (高雄 : 春暉出版社)
222012八八災後台灣原住民族抗爭運動事件簿黃智慧 展望南台平埔族群文化」學術研討會論文集 (台北 : 國立台灣博物館)
232012「多元文化」理念的脆弱性：原住民族八八水災後重建政策省思黃智慧 再現南台平埔族群文化學術研討會論文集 (台北 : 國立台灣博物館)
242012「多元文化」的脆弱性：八八災後重建政策底下的原住民族黃智慧 再現南臺平埔族群文化學術研討會論文集 1-27
252012台湾における『日本文化論』に見られる対日観黃智慧 台灣における〈日本〉認識――宗主國位相の発現・転回・再検証 (東京 : 風響社)
262012移動と漂流史料における民族の接触と文化の類緣關係――與那國島と台灣黃智慧 東アジアの間地方交流の過去と現在――濟州と沖繩・奄美を中心にして (東京 : 彩流社)
272012台灣における日本觀の交錯――族群と歴史の複雑性の視角から黃智慧 地域発展のための日本研究 (東京 : 法政大學國際日本學研究センター)
282012災後學習之旅──從阿禮（Adiri）出發黃智慧 文化瑰寶Adiri-雲端上的阿禮部落 (台北 : 順益原住民博物館)
292011解讀高砂義勇隊的「大和魂」--兼論台灣後殖民情境的複雜性黃智慧 台灣原住民族研究學報 1(4):139-174
302011八八災後原住民族文化守護：理念與實務之落差黃智慧 行腳西拉雅 (臺南 : 國立臺灣歷史博物館)
312011Ethno-cultural connection among the islands around Yonaguni-jima－The network of the “East Taiwan Sea”黃智慧 OGASAWARA RESEARCH（小笠原研究） 37:7-24
322011南北文化の邂逅地：与那国島における人類起源神話伝説の比較研究黃智慧 台湾原住民研究 第15号，頁48-78
332010舒緩當代的族群困境：十年來我所參與之公共事務省思黃智慧 人類學視界 第5期，頁6-9
342010中華民國在台灣（1945-1987）──「殖民統治」與「遷佔者國家」說之探討黃智慧 中華民國流亡台灣60年暨戰後台灣國際處境 (台北 : 前衛出版社)
352010「東台湾海」文化圏の視点から見た与那国の島際関係史黃智慧 《与那国町史》第二巻民俗編 (沖繩 : 與那國町役場)
362010ポストコロニアル台湾における重層構造――日本と中華――黃智慧 東アジア新時代の日本と台湾 (東京 : 明石書店)
372010台灣的日本觀解析（1987-）：族群與歷史交錯下的複雜系統現象黃智慧 思想 第14期，頁53-97
382010台湾原住民族と八八水害───「びんろう」による被災情報交換と資料（特集 八八水害と台湾原住民族）小川正恭; 黄智慧 ; 石村明子共編台湾原住民研究 第14号，頁80-129
392009看見希望：八八災後原住民自主重建組織概況黃智慧 TAHR報 2009冬季號，頁14-17
402009台湾における日本観の交錯――族群と歴史の複雑性の視角から――黃智慧 日本民俗學 第259期，頁57-81
412008劉斌雄先生紀念論文集林美容; 郭佩宜 ; 黃智慧主編 台北市
422008東南亞與東北亞的接合處：環「東臺灣海」海域蘊藏的學術生機黃智慧 劉斌雄先生紀念論文集 (台北 : 中央研究院民族學研究所)
432008寬容的人類學精神─劉斌雄先生紀念論文集林美容; 郭佩宜 ; 黃智慧 臺北
442008寬容的人類學精神──劉斌雄先生紀念論文集導論林美容; 郭佩宜 ; 黃智慧 寬容的人類學精神──劉斌雄先生紀念論文集 (台北 : 中央研究院民族學研究所)
452008推薦序：你中有我，我中有你黃智慧 多桑的櫻花 (台北 : 繆思出版)
462007環「東台湾海」文化圏における島際関係史――与那国島を中心に――黃智慧 「沖縄海人文化の系譜」報告書 (日本 : 財團法人海洋博覽會記念公園管理財團)
472007迎向阿伊努民族的春天黃智慧 原教界 18, 40-49
482007「Aynu＝アイヌ」的漢字譯名是「愛努」還是「阿伊努」？──「Aynu民族」漢字譯名的原則性問題黃智慧 原教界 18, 144-147
492006「戰後」台灣各族群對戰歿者的追悼方式與課題：兼論其與日本關係黃智慧 近現代日本社會的蛻變 (台北 : 中央研究院人文社會科學研究中心亞太區域研究專題中心)
502006臺湾を代言するポストコロニアル柳人 ―― 恩師李琢玉先生を偲ぶ ――黃智慧 酔牛  李琢玉川柳句集 (大阪 : 新葉館)
512006『戦後』台湾における慰霊と追悼の課題――日本との関連について――黃智慧 現代宗教2006特集慰霊と追悼 (東京 : 東京堂出版)
522006臺湾における「日本文化論」に見られる対日観黃智慧 アジア・アフリカ言語文化研究 71, 146-168
532006川柳で代言する戦後台湾の「日本語人」――李琢玉先生の思い出黃智慧 トオサンの桜 台湾日本語世代からの遺言 (東京 : 潮書房光人新社)
542006植民地期における臺湾原住民族宗教研究のながれ──「官」「学」両伝統の形成と軋轢──黃智慧 臺湾原住民研究 10, 140-190
552005『絆』というもの黃智慧 台灣原住民族との交流會十周年記念誌 (東京 : 台灣原住民族との交流會)
562005失散的文化鎖鍊：與那國島的「玉祭」與其周圍諸民族黃智慧 第九屆中琉歷史關係國際學術會議論文集 (北京 : 海洋出版社)
572004臺湾原住民の步み：2003年を振り返る黃智慧 台湾原住民族の現在 (東京 : 草風館)
582004台湾原住民の現在山本春樹; 黃智慧 ; ポイツォヌ, パスヤ; 下村作次郎東京
592004戦後臺湾的「日本文化論」書物中顕現的「對日観」黃智慧 亜太研究論壇 26, 94-118
602003日本對臺灣原住民族宗教的研究取向黃智慧 臺灣本土宗教研究的新視野和新思維 (台北 : 南天書局)
612003ポストコロニアル都市の悲情： 臺北の日本語文芸活動について黃智慧 アジア都市文化学の可能性 (大阪 : 清文堂)
622003蘭嶼とバタン諸島の民族的關連性 -- 研究史をふりかえつて黃智慧 CAニューズレター 119, 37-40
632003The Transformation of Taiwanese Attitudes toward Japan in the Post-colonial Period黃智慧 Imperial Japan and National Identities in Asia (London : Routledge-Curzon)
642001The Yamatodamashi of the Takasago Volunteers of Taiwan: A Reading of the Postcolonial SituationHuang, Chih-huei Globalizing Japan: Ethnography of the Japanese Presence in Asia, Europe, and America (London : Routledge)
652001台灣先住民が經営する現代の桃源鄉，ブヌン・ビレッジ黃智慧 ホテルからアジアが見える (東京 : 海竜社)
662001台灣研究者の論著リスト黃智慧 台灣原住民研究概覽日本からの視點 (東京 : 日本順益台灣原住民研究會)
672000番族慣習調查報告書第二卷：阿美族 / 卑南族臺灣總督府臨時臺灣舊慣調查會原著; 中央研究院民族學研究所編譯; 許木柱; 黃智慧主編 台北市
682000導読：理解日本人的宗教意識、感悟日本人的心黃智慧 近代日本人的宗教意識 (台北 : 立緒文化事業)
692000南北源流交匯處：沖繩與那國島人群起源神話傳說的比較研究黃智慧 民族學研究所集刊 89期，頁207–235
701999日本對台灣原住民族宗教的研究取向：殖民地時期官學並行傳統的形成與糾葛黃智慧 人類學在台灣的發展：回顧與展望篇 (台北 : 中央研究院民族學研究所)
711999天理教における「人間觀」黃智慧著 ; 天理インターカルチャー研究所編集部譯天理インターカルチャー研究所研究論叢 8期，頁1–20
721999危機にさらされた民族境界線――九二一大震災後の台灣原住民黃智慧著 ; 安場淳; 胎中千鶴譯台灣原住民研究 4期，頁248–255
731998番族慣習調查報告書第三卷：賽夏族臺灣總督府臨時臺灣舊慣調查會原著; 中央研究院民族學研究所編譯; 黃智慧主編 台北市
741998漂流關係史料からみた八重山と台灣黃智慧 台灣原住民族との交流會 NEWS LETTER 16期, 頁2–7
751998台灣先住民の環境觀──ダム建設反對運動の分析から黃智慧 アジアの環境・文明・人間 (東京 : 法藏館)
761997A Taiwanes Indigenous Peoples’ View of the Environment－An Analysis of the Anti-dam Construction Movement黃智慧 Views of the Environment in Asian Countries－Their Relationship to Sustainable Development (Tokyo : The United Nations University)
771997沖繩獨立論的爆發──復歸日本二十五週年的覺醒黃智慧 日本文摘 137期，頁130–134
781997人群漂流移動史料中的民族接觸與文化類緣關係：與那國島與台灣黃智慧 考古人類學刊 52期, 頁19–41
791997日本宗教教育現況評析黃智慧 教育研究集刊 38期，頁95–126
801997沖繩賽龍舟黃智慧 日本文摘 139期，頁151–154
811996番族慣習調查報告書第一卷：泰雅族臺灣總督府臨時臺灣舊慣調查會原著; 中央研究院民族學研究所編譯; 黃智慧主編 台北市
821996泰雅族與其拼音書寫系統黃智慧 ; 黃榮泉番族慣習調查報告書――第一卷泰雅族 (台北 : 中央研究院民族學研究所)
831995台灣に最も近い日本，與那國島黃智慧 台灣 (東京 : 河出書房新社)
841995東方海上的另類遭遇──與那國島與台灣黃智慧 宜蘭文獻 17期，頁1–11
851994鳥居龍藏的生涯黃智慧 跨越世紀的影像 (台北 : 順益台灣原住民博物館)
861994長了翅膀的傳說：「莎韻之鐘」的文字書寫黃智慧 歷史月刊 第79期，頁108-114
871993論天理教的「人的觀念」：神與人之間黃智慧 人觀，意義與社會 (台北 : 中央研究院民族學研究所)
881992宗教與儀式黃智慧 文化人類學 (台北 : 國立空中大學)
891992二十世紀人類學的啟動者：馬凌諾斯基黃智慧 見證與詮釋：當代文化人類學思想家 (台北 : 正中書局)
901991天理教在台灣傳教的過程黃智慧 研究論叢 4期，頁25–44
911990承續町人文化傳統──大阪大學黃智慧 日本文摘 53期，頁110–112
921989天理教の台灣における傳道と受容黃智慧 民族學研究 第54卷316期，頁292–309