由於細生所的前身是動物學研究所,因此所內保有傳統行為學和生理學研究的動物模式系統。2005年改名為細胞與個體生物學研究所後,將研究重心轉移至分子和細胞層次的研究。並於2014年確立四項主要研究領域,藉此描繪出本所期望將細胞功能研究延伸至整個生物個體,並整合兩個研究藍圖。四大主要研究領域包含:(1)細胞功能障礙;(2) 生態與演化發育生物學 ; (3) 神經科學;(4)幹細胞與再生生物學。